Tartu Maarja kirik valmis 1842 Tartu linna ja kihelkonna eestlaste kodukirikuks. Koguduse liikmete hulka kuulusid sellised suurkujud nagu nt M. Härma, L. Koidula ja J. V. Jannsen. 1869. aastal sai Tartu Maarja kirikust alguse esimene Eesti üldlaulupidu ning seetõttu nimetatakse Maarja kirikut ka laulupeo hälliks.
Kirik hävis 12. juulil 1941 ning ehitati ümber EPA võimlaks. Tartu spordi varjupaigaks oli hoone 50 aastat.

Kirik tagastati kogudusele 2009. aastal ja on taastamisjärgus. 2022. a lõppesid võimlaks ehitamisel lammutatud, torni taaspüstitamise tööd. Torni tipus valvab kullatud kukk.