Aruküla mõisal on olnud 15 omanikku: Lennart Torstensohn sai mõisa Rootsi kuninganna Kristiina valitsemisajal. Knorringite juures olid sagedasteks külalisteks Adam Johann von Krusenstern ja Karl von Morgenstern. Krahv Carl von Toll ostis mõisa Karl Georg von Knorringilt. 

Kivist mõisamaja ehitati 1782–1789. Viimane ehituslaine lõpetati 1810. aastaks.

Krahv Carl Friedrich von Tolli ajal tehti 1820. aastate keskel suuri ümberehitusi Peterburi eeskujul. Sellest ajas pärineb hoone praegune kuju. 1919. a mõis riigistati. Täna on mõisas Koeru Keskkool. 

Mõisast on võimalik tellida ka giidituuri.