Kirik oli Jämajas tõenäoliselt olemas juba 13. sajandil, aga tänapäevaks ei ole sellest vanast ehitisest midagi säilinud. Praegune historitsistliku ilmega kirik on rajatud 19 sajandi teises pooles. Eriliseks teeb selle kiriku mere lähedus. Jämaja kiriku altarimaali süžee on leitav kirikutes, kuhu kostis aknast sisse merekohin. Kirikust veidi eemal asuv, praktiliselt mererannas paiknev, Jämaja kalmistu on Eestis merele kõige lähemal olev surnuaed.