19. saj paljudele kuulsatele arstidele ja teadlastele töökohaks olnud anatoomikum valmis J. W. Krause projekteerituna 1805. a Toomemäe lõunanõlvale rootsiaegse K. Gustavi bastioni asukohale. Algselt klassitsistliku rotundina valminud hoonele ehitati aastatel 1825–1827 Krause projekti järgi juurde poolkaarjad tiibhooned. Tänapäevase kuju omandas anatoomikum aastail 1856–1860 toimunud viimase suure juurdeehituse valmimise järel.

Nüüdse nime – Vana Anatoomikum – sai hoone 1888. a seoses nn uue anatoomikumi valmimisega.

TÜ Arstiteaduskonna meditsiinikollektsioone saab külastada Teaduskeskuses AHHAA.