Varaseimad teated Palupera rüütlimõisast pärinevad 1582. aastast. 16.-17. sajandil kuulus mõis von Dückeritele, Bronskytele ja von Fersenitele. Pikemalt jäi mõis von Bruiningkide omandusse, mistõttu asub mõisasüdame lähedal ka nende perekonnakalmistu. Antud kompleksist on säilinud mitmed hooned, mis võetud muinsuskaitse alla. 

28. septembril 2019 avati Palupera mõisa juures Elva valla esimene National Geographicu kollane aken. Palupera kollane aken on uuenduslik selles osas, et tegemist on esimese aknaga, mille juurde on paigaldatud külastajate hulka loendav spetsiaalne andur.